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Analyse phylogénétique et évolutive



PROJETS

[+] ape

ape est un logiciel écrit dans le langage R destiné à l'analyse phylogénétique et évolutive. Il est utilisé de façon significative au sein de la communauté des biologistes de l'évolution pour l'analyse des données ainsi que comme cadre de développement de nouvelles méthodes. Depuis 2003, ape a été cité plus de 1500 fois dans la littérature scientifique, et plus de 100 logiciels écrits en R (packages) et qui dépendent de ape ont été publiés sur le CRAN.

Pour en savoir sur ape, veuillez visiter les pages de ce site.


[+] pegas

pegas est un logiciel pour les analyses de génétique des populations et évolutive ; il est un compagnon de ape. Pour en savoir plus sur pegas, veuillez visiter sa page sur ce site.


[+] coalescentMCMC

coalescentMCMC est un nouveau logiciel pour les analyses de coalescence. Depuis la version 0.4, ce package a été considérablement amélioré. Plusieurs modèles temporels de Θ sont disponibles et peuvent être comparés par leur vraisemblance ou des critères d'information (AIC, BIC, DIC). Les chaînes de Markov sont simulées de façon très flexible, successivement, en parallèle ou en interaction. Les résultats sont analysés avec le package coda. Toutes les analyses (préparation des données, simulation des chaînes, diagnostiques de convergence, estimation des paramètres, comparaison des modèles, …) sont faites dans le même environnement. Les temps de calcul sont relativement courts. Le package inclut deux vignettes qui donnent des détails expliquant comment faire de telles analyses.




Pour plus de détails sur ces projets, visitez les pages en anglais de ce site.



Le code source de ape ?
Pour les dernières sources, voir sur ce site:
Menu Installation -> Stable and Testing Versions.
Le dépôt SVN est pour le moment non fonctionnel.


NEWS ?
Une liste de toutes les nouveautés (depuis la version 0.1) régulièrement mise à jour avec les développements en cours.


r-sig-phylo ?
La liste de discussion "R special interest group on phylogenetic and comparative methods and analyses" (grâce aux efforts des collègues du NESCent).


EVENTS ?
Cours, ateliers, réunions, ... Envoyez moi vos annonces !

7 au 10 janvier 2014: International Biogeography Society Early Career Conference à Canberra, inclut des ateliers. En savoir plus.

7 au 11 octobre 2013: Disentangling evolutionary relationships with Phylogenetic Comparative Methods – Second edition à Barcelone. En savoir plus.

18 au 24 septembre 2013: Cours ForBio: Phylogeographic methods, Université de Tromsø (Norvège). More.

15 au 19 avril 2013: Cours An introduction to phylogenetics and population genetics with R à Barcelone En savoir plus.

12 au 16 novembre 2012 Cours Outils d'analyse de la phylogénie et de l'évolution sous R à St Pierre de La Réunion (Cirad).


Mise à jour : 6 novembre 2014
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